№ п/п
|
Регистрационный номер заявки
|
Наименование (для юридического лица), фамилия, имя, отчество (для физического лица) участника размещения заказа
|
Квалификация участника
|
Цена контракта, млн. рублей
|
Сроки выполнения работ
|
Качественные характеристики создаваемой научно-технической продукции, содержащиеся в заявке
|
Лот № 1. 2011-1.2-512-023. Исследование структурно-функциональных свойств белков, перспективных для использования в медицине и биотехнологии.
|
1
|
2011-1.2-512-023-001
|
государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Кемеровский технологический институт пищевой промышленности"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
3,3
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
При выполнении НИР должны быть получены следующие научно-технические результаты:
- отчет о НИР
- лабораторная методика получения белков требуемого для структурных исследований качества.
- протоколы проведения функциональной и физико-химической характеристик исследуемых белков, в том числе: активности, субстратной специфичности, pH-стабильности, термостабильности
- пространственные структуры белков (L-фенилаланин-аммоний лиаза и L-тирозин-аммоний лиаза), перспективных для использования в медицине и биотехнологии, ранее не опубликованные в международном банке данных пространственных структур RCSB (www.rcsb.org).
- лабораторная методика выделения и очистки PAL и TAL.
- лабораторная методика хранения наработанных белок.
- экспериментальная партия исследуемых белков в количествах, необходимых для последующих экспериментов.
- программа и методика испытаний исследуемых белков.
- протоколы испытаний функциональных и физико-химических свойств исследуемых белков, в том числе: активности, субстратной специфичности, pH-стабильности и термостабильности.
При выполнении НИР должна быть создана следующая научно-техническая продукция:
- проект технического задания на проведение ОТР;
- инструкция по применению изучаемых белков.
Планируемые работы обеспечивают
- соответствие содержания планируемых работ требованиям заказчика;
- уровень характеристик создаваемой научно-технической продукции, превышающий или соответствующий мировому;
- достижение значений индикаторов выполнения Программы по данному мероприятию.
|
2
|
2011-1.2-512-023-004
|
Учреждение Российской академии наук Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,516
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
НИР по теме: «Исследование функциональных свойств белков, пригодных для использования при терапии распространенных заболеваний человека и животных»
Будут изучены кинетика аланиндегидрогеназы и глутаматдегидрогеназы, внедренных в аммоциты, и функционирование этих внутриклеточных белков, а также разработаны новые подходы для компенсации патологических нарушений в организме животного.
|
3
|
2011-1.2-512-023-011
|
Учреждение Российской академии наук Институт иммунологии и физиологии Уральского отделения РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В ходе выполнения НИР будут выделены и исследованы структурно-функциональные свойства природной и рекомбинантной версий альфа-фетопротеина человека; разработаны технологическая схема выделения белка, программы и протоколы проведения клинических испытаний. Исследуемый в рамках настоящего проекта альфа-фетопротеин может быть применен в качестве вектора целенаправленной внутриклеточной доставки (рецепторзависимый эндоцитоз) противовирусных и противоопухолевых препаратов.
|
4
|
2011-1.2-512-023-024
|
федеральное государственное учреждение "Федеральный центр токсикологической и радиационной безопасности животных"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
7,2
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В результате реализации НИР должны быть проведены работы по функциональной характеристике и расшифровке пространственной структуры факторов регуляции роста мышц человека семейств TGF- и IGF. На основе данных структурных исследований факторов роста мышц и их комплексов с рецепторами методами белковой инженерии будут созданы искусственные производные факторов роста мышц с усовершенствованными функциональными и технологическими свойствами. Эти белки будут использованы для создания препаратов медицинского и биотехнологического назначения.
|
5
|
2011-1.2-512-023-026
|
государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Башкирский государственный университет"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
4,6
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Планируется провести выделение и идентификации специфичных к инсулину белков крови человека, определение их функций в составе инсулинтранспортирующего комплекса в крови здоровых доноров; функциональных и структурных изменений белкового комплекса при сахарном диабете типа I; определение пространственной организации белков в составе инсулинтранспортирующего комплекса с целью разработки принципов конструирования нового класса терапевтических средств – надмолекулярных комплексов транспортных белков с гормонами, предназначенных для коррекции трофических нарушений за счет нормализации транспорта гормонов кровью.
|
6
|
2011-1.2-512-023-034
|
Учреждение Российской академии наук Институт кристаллографии им. А.В.Шубникова РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,48
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Данный проект направлен на определение неизвестной функции и фармакологического потенциала малоизученных (гипотетических) белков из бактерий - возбудителей инфекционных заболеваний желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) разной степени тяжести путём комплексных (структурных и биохимических) исследований отобранных белков и их комплексов с эндогенными клеточными лигандами или наборами элементарных метаболитов. В ходе выполнения проекта будет разработана лабораторная методика получения и наработаны экспериментальные партии исследуемых белков, разработана программы и методики проведения экспериментальных исследований, получены новые пространственные структуры белков (комплексов белок-лиганд) с разрешением, допускающим их депонирование в международный банк данных пространственных структур RCSB и подготовлен проект технического задания на проведение последующей ОТР по теме: «Разработка технологии тестирования комплексов белок-лиганд с целью определения химической природы неизвестных лигандов с помощью комбинации структурных и функциональных подходов». Конечным продуктом, основанном на полученных результатах, станет расширение спектра фармакологических мишеней и определение стратегии разработки оригинальных, инновационных медицинских или санитарных препаратов для борьбы с бактериальными инфекциями ЖКТ. Выполнение настоящего проекта обеспечит достижение научных результатов мирового уровня в части получения пространственных структур и развития постгеномных методов создания лекарственных средств.
|
7
|
2011-1.2-512-023-041
|
государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Санкт-Петербургский государственный политехнический университет"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
5,04
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Проект направлен на исследование структурно-функциональных свойств G-белок сопряженных рецепторов (GPCRs) и их эволюционных предшественников бактериородопсинов (BRs). Рецепторы семейства GPCRs являются мишенями для более чем 40% современных лекарств. Знание структурно-функциональных свойств белков данного класса является необходимым условием рационального дизайна и создания лекарственных препаратов. В ходе выполнения проекта будут разработаны технологии получения белков семейства GPCRs и BRs, получены белки, включая изотопно-меченые, в количествах достаточных для проведения структурных исследований и определена пространственная структура одного из заявленных в проекте белков.
|
8
|
2011-1.2-512-023-056
|
Учреждение Российской академии наук Лимнологический институт Сибирского отделения РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
7,4
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
При выполнении НИР будет создана следующая научно-техническая продукция:
Проект технического задания на проведение прикладной НИР по теме «Виртуальный скрининг потенциальных лекарственных средств против клещевого энцефалита».
Инструкция по пробоподготовке белкового комплекса сериновой протеазы ВКЭ для кристаллизации.
Инструкция по сравнительному молекулярному моделированию пространственных структур белков.
Инструкция по использования ускорителей массово-параллельных вычислений для молекулярно-динамических расчетов
Показатели качества работ будут обеспечены опытом работ в этой области (исполнитель работает с вирусом клещевого энцефалита с 1989 года и обладает уникальной коллекцией полногеномных последовательностей различных его штаммов), применением современных методов исследований (ПЦР - амплификация интересующих фрагментов генома, очистка и клонирование в компетентном векторе E.coli, анализ ДНК вставки, клонирование в векторе для экспрессии, наработка и очистка рекомбинантного белка), имеющейся в ЛИН СО РАН материально-технической (необходимое оборудование) и организационно-правовой (необходимые лицензии и сертификаты) базе.
Будут выполнены основные требования к выполнению НИР: к разрабатываемой документации; к номенклатуре параметров, к точности их определения и точности воспроизведения внешних условий; по стандартизации, унификации, совместимости и взаимозаменяемости; обеспечению безопасности для жизни и здоровья людей и охраны окружающей среды; к патентной чистоте и правовой защите результатов интеллектуальной деятельности; технико-экономические; к достижению программных индикаторов и показателей.
|
9
|
2011-1.2-512-023-060
|
Учреждение Российской академии наук Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К.Скрябина РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
6
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Геномы бактерий рода Streptomyces, содержащиеся в GenBank, будут исследованы на наличие последовательностей генов, кодирующих различные типы лакказ. Из всероссийской коллекции микроорганизмов (ИБФМ РАН) будут отобраны штаммы бактерий рода Streptomyces, у которых в геноме лакказы будут обнаружены. Гены лакказ из геномов бактерий рода Streptomyces будут клонированы. Будут созданы рекомбинантные штаммы-продуценты этих ферментов. Будет разработана схема очистки «маленькой» и «большой» лакказ из рекомбинантных штаммов-продуцентов. Лакказы будут наработаны в количествах, пригодных для проведения экспериментов. Будет разработана программа и методики изучения физико-химических свойств лакказ. Согласно программе будут изучены физико-химические и каталитические свойства полученных ферментов: рН-оптимумы активности в отношении различных субстратов; термостабильность при различных значениях рН; влияние на активность различных ингибиторов и органических растворителей. Лакказы будут кристаллизованы и исследованы с помощью ренгеноструктурного анализа, на основании чего будет построена трехмерная модель ферментов.
|
10
|
2011-1.2-512-023-076
|
Учреждение Российской академии медицинских наук Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии РАМН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
1. Будет получен рекомбинантный белок CLTAP. Рекомбинантный белок будет использованы для исследования его действия на клетки иммунной системы и опухолевые клетки.
2. Будет проведено полное определение пространственной структуры рекомбинантного белка CLTAP методами ЯМР спектроскопии и молекулярного моделирования.
3. Будут получены моноклональные антитела к CLTAP. Полученные антитела будут исследованы на методическую пригодность.
4. Экспрессия CLTAP на уровне мРНК будет исследована в различных популяциях человеческих моноцитов/макрофагов. Моноциты будут выделяться при помощи магнитной сортировки. Экспрессия гена будет исследована при помощи количественной ПЦР.
|
11
|
2011-1.2-512-023-079
|
Учреждение Российской академии наук Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
4,8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Проект направлен на установление фундаментальных принципов специфических взаимодействий трансмембранных (ТМ) доменов рецепторных тирозинкиназ (РТК), отвечающих за биологическую функцию РТК в норме и при патологиях организма человека, в целях выявления потенциальных мишеней для терапии социально-значимых болезней, связанных с нарушением работы РТК систем. Объект НИР - ТМ домены РТК из двух семейств: рецепторов эпидермальных факторов роста ErbB и рецепторов фактора роста фибробластов FGFR дикого типа и мутантных патогенных форм. С использованием методов спектроскопии ЯМР, биоинженерии, оптической спектроскопии и молекулярного моделирования будет сделано детальное описание пространственной структуры, внутримолекулярной динамики и интерфейсов функциональной димеризации ТМ фрагментов РТК дикого типа и патогенных мутантных форм. Также будут охарактеризованы термодинамические и кинетические параметры процесса димеризации, термостабильность и pH-стабильность. Будут получены результаты, соответствующие, а по некоторым позициям – превосходящие мировой уровень. Выполнение проекта позволит описать структурно-функциональные детерминанты ТМ доменов РТК и основные механизмы гомо- и гетеродимеризации ТМ доменов РТК в клеточной мембране, а также выявить влияние патогенных мутаций на их структурно-динамические свойства. В результате будут разработаны молекулярные модели конформационных перестроек РТК при передаче сигнала через мембрану клетки, установлена взаимосвязь «структура-функция-патогенез» и предложены оригинальные способы направленного воздействия на биологическую активность РТК систем.
|
12
|
2011-1.2-512-023-080
|
Учреждение Российской академии наук Институт биохимии им. А.Н.Баха РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В рамках настоящего проекта будет проведено структурно-функциональное исследование уридинфосфорилазы из Shewanella oneidensis - фермента, принадлежащего к практически значимому классу пиримидиновых нуклеозидфосфорилаз, используемых в биотехнологии и медицине для синтеза противовирусных и противораковых препаратов, представляющих собой модифицированные нуклеотиды. В рамках проекта планируется провести следующие исследования:
- Функциональная характеристика уридинфосфорилазы, включая исследование субстратной специфичности;
- Поиск ингибиторов уридинфосфорилазы и определение констант ингибирования;
- Поиск и оптимизацию условий кристаллизации уридинфосфорилазы в свободном состоянии и в комплексах с субстратом и ингибитором с целью получения кристаллов пригодных для изучения методом рентгеноструктурного анализа, а также выращивание кристаллов в условиях микрогравитации на Российском модуле Международной космической станции, что может способствовать улучшению качества кристаллов и, соответственно, получению структурных данных более высокого разрешения;
- Проведение рентгеноструктурных экспериментов, сбор экспериментальных наборов высокого (не ниже 1,2 А) разрешения; анализ полученных структурных данных и формулирование стратегии дальнейшей работы над исследуемым ферментом.
Проведение данного комплекса работ по проекту позволит всесторонне охарактеризовать исследуемый фермент. Полученные результаты будут полезны для разработки подходов по направленному изменению свойств исследуемого фермента, необходимых как для оптимизации соответствующих биотехнологических процессов, так и для поиска новых потенциальных противоопухолевых соединений – ингибиторов уридинфосфорилазы.
В результате выполнения проекта будет получена следующая научно-техническая продукция: пространственные структуры уридинфосфорилазы в свободном состоянии и в комплексах с субстратом и ингибиторами с высоким (атомным) разрешением, отсутствующие в международном банке данных пространственных структур RCSB (www.rcsb.org), что соответствует международному уровню работ в этой области; лабораторная методика получения уридинфосфорилазы с чистотой, необходимой для структурных исследований; протоколы исследования кинетических параметров уридинфосфорилазы; проект технического задания на проведение последующей ОТР по тематике работы.
|
13
|
2011-1.2-512-023-081
|
Учреждение Российской академии наук Институт общей генетики им.Н.И. Вавилова РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В ходе НИР будет проведено исследование структуры компексов протеинкиназы Pim-1 – важного белка, участвующего в проведении внутриклеточных сигналов вопухолевых клетках – с ее низкомолекулярным ингибитором. Будет клонирована и экспрессирована каталитическая субъединица Pim-1, получен высоко очищенный препарат белка в количесте, достаточном для кристаллизации. Будут доказаны биохимические свойства полученного белка, в частности, активность, pH-стабильность и термостабильность. Структура комплексов Pim-1-ингибитор будет характеризоваться устойчивыми параметрами - атомным разрешением с высокой достоверностью, определяемой совокупностью параметров Rcryst, Rfree, R.M.S.Dbond, R.M.S.Da, точность определения координат по Луззати. Результаты исследования и решения структур будут депонированы в международный банк данных RCSB.
|
14
|
2011-1.2-512-023-086
|
Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Cанкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
6,4
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В рамках проекта будут получены новые знания в области протеомики и разработаны и апробированы новые медицинские технологии, направленные на донозологическую диагностику мочекаменной болезни и, как следствие, на повышение эффективности капиталовложений в реализацию Национального приоритетного проекта «Здоровье», диспансеризации населения страны в Центрах здоровья, а также качества подготовки медицинских кадров в различных областях клинической медицины.
Статьи – 3, методические рекомендации для врачей – 2, докторские диссертации – 1, кандидатские диссертации – 2, международный симпозиум – 1.
|
15
|
2011-1.2-512-023-088
|
Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт особо чистых биопрепаратов" Федерального медико-биологического агентства
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,4
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В результате выполнения НИР будут разработаны способы получения высокоочищенного рекомбинантного гликопротеина Антимюллерова гормона (АМГ) и его N- и C-концевых доменов, проведены работы по кристаллизации белков и установлена пространственная структура функционально активного домена, что позволит:
- получить новые фундаментальные данные о пространственной структуре АМГ и его функциональных доменов;
- определить роль N- и С-концевых доменов Антимюллерова гормона в апоптозе опухолевых клеток, выявить основные структурные элементы, обеспечивающие взаимодействие с клеточными рецепторами; - разработать новые подходы к созданию лекарственных препаратов, ингибирующих рост опухолевых клеток при различных видах рака.
- обеспечить существенное сокращение стоимости и продолжительности работ, необходимых для создания новых лекарственных средств на основе рекомбинантных белков;
полное соответствие технологии производства и качества лекарственных средств на основе рекомбинантных белков современным требованиям биофармацевтической промышленности;
повышение эффективности терапевтического лечения и улучшение качества жизни населения за счет повышения качества медицинских продуктов, получаемых с использованием нетоксичных противоопухолевых гомогенных препаратов.
|
16
|
2011-1.2-512-023-101
|
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
10
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В рамках настоящего проекта предлагается провести структурно-функциональную характеристику новых ферментов-биокатализаторов из экстремофильных организмов, перспективных для использования в биотехнологии. В качестве объекта исследования выбраны практически-значимые классы ферментов - оксидоредуктазы (в том числе алкогольдегидрогеназы и альдегиддегидрогеназы) и гидролазы (высокоспецифические дипептидазы и специфические аминопептидазы), которые могут быть использованы в тонком органическом синтезе (производстве лекарств, пищевых добавок и медицинских средств) и биосенсорных технологиях. Для отобранных ферментов будут проведены следующие исследования: подробная характеристика субстратной специфичности, определение параметров ферментативной реакции, характеристика термостабильности и галотолерантности, скрининг и оптимизация условий кристаллизации с целью получения качественных кристаллов для последующего их использования в рентгеноструктурном эксперименте; получение рентгеноструктурных данных, решение и уточнение пространственных структур (в том числе с лигандами). В результате выполнения проекта будет получена следующая научно-техническая продукция: пространственная структура не менее одного из отобранных ферментов, ранее не опубликованная в международном банке данных пространственных структур RCSB (www.rcsb.org); лабораторная методика получения не менее одного из отобранных ферментов, требуемого для структурных исследований качества; протоколы проведения функциональной и физико-химической характеристик исследуемых белков; проект технического задания на проведение последующей ОТР по тематике работы.
Полученные данные должны послужить основой для дальнейшей разработки подходов по повышению стабильности и направленному изменению свойств исследуемых ферментов с целью удовлетворения требованиям соответствующих биотехнологических процессов.
Выполнение настоящего проекта обеспечит достижение научных результатов мирового уровня в части получения пространственных структур ферментов.
|
17
|
2011-1.2-512-023-120
|
Общество с ограниченной ответственностью “Инновации и высокие технологии МГУ”
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В процессе выполнения проекта должны быть получены данные по структуре двух оксидоредуктаз – лакказы и негликозилированной пероксидазы табака и двух гидролаз – пенициллинацилазы и ксиланазы. Реализация данного комплекса работ позволит создать базу для разработки биокатализаторов с заданными свойствами на основе вышеуказанных ферментов для применения в медицине (электрохимические биосенсоры третьего поколения) и биотехнологии. Выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных нужд создаст научно-технический задел и позволит обеспечить ускоренное развитие научно-технологического потенциала Российской Федерации в области биокаталитических, биосинтетических и биосенсорных технологий.
|
18
|
2011-1.2-512-023-123
|
Федеральное государственное учреждение "Российский кардиологический научно-производственный комплекс" Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,5
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Будет осуществлен отбор для экспериментального изучения структурно-функциональных свойств белков, моделирующих мускариновые и β1-адренорецепторы и некоторые структуры кардиомиоцита, которые могут иметь ключевую патогенетическую роль у больных с нарушениями ритма и проводимости сердца без признаков органического заболевания сердечно- сосудистой системы.
Будет проведен компьютерный анализ антигенной структуры β-1 адренорецепора и мускаринового рецептора, а также некоторых структур кардиомиоцита и будут выбраны потенциально антигенные линейные фрагменты указанных белков, наиболее полно удовлетворяющие параметрам максимальной гидрофильности, поверхностной доступности и статистической антигенности.
Будут разработаны методики твердофазного синтеза выбранного семейства пептидов с использованием Fmoc-технологии, методы очистки и идентификации полученных соединений на современном уровне (с привлечением высокоэффективной жидкостной хроматографии на обращенной фазе, ЯМР-спектроскопии и масс-спектрометрии).
Будут проведены тест-синтезы выбранных соединений с последующей оптимизацией в количествах, необходимых для отработки иммуноферментного анализа с использованием пептидов.
Будет изучена динамика клинико-функциональных параметров, воспалительных и аутоиммунных факторов (в т.ч. аутоантител к определенным на предыдущих этапах антигенам, имеющим диагностическую и прогностическую значимость) у больных без признаков органического заболевания сердечно-сосудистой системы с нарушениями проводимости и ритма сердца на фоне иммунокорригирующей терапии.
Будет создан прототип диагностической иммуноферментной тест-системы для определения аутоиммунных изменений у больных с нарушениями проводимости и ритма сердца без органической патологии сердечно-сосудистой системы.
|
19
|
2011-1.2-512-023-126
|
Учреждение Российской академии наук Центр "Биоинженерия" РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,4
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Будут выделены и функционально охарактеризованы новые гликолитические ферменты, ориентированные на применение в промышленной биотехнологии. Для этих ферментов методом рентгеноструктурного анализа будут определены пространственные структуры высокого разрешения и разработаны подходы по направленному улучшению функциональных свойств для решения биотехнологических задач. Выполнение НИР обеспечит получение научных результатов мирового уровня в области структурно-функциональной характеристики ферментов.
|
20
|
2011-1.2-512-023-136
|
Учреждение Российской академии наук Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
9,8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
В рамках настоящего проекта будут и структурно и функционально охарактеризованы мутантная форма рибонуклеазы биназы и комплексы обратной транскриптазы ВИЧ с новыми пиримидин-содержащими ингибиторами ненуклеозидной природы. Для указанных ферментов будут проведены следующие исследования: функциональных свойств белков (субстратной специфичности, параметров ферментативной реакции), скрининг и оптимизация условий кристаллизации с целью получения качественных кристаллов для последующего их использования в рентгеноструктурном эксперименте; решение и уточнение пространственных структур. Кроме того для комплексов обратной транскриптазы ВИЧ с новыми пиримидин-содержащими ингибиторами ненуклеозидной природы будет проведено компьютерное моделирование связывания ингибиторов с ферментом. В результате выполнения проекта будет получена следующая научно-техническая продукция: пространственные структуры мутантной формы рибонуклеазы биназы и комплексов обратной транскриптазы ВИЧ с новыми пиримидин-содержащими ингибиторами ненуклеозидной природы, ранее не опубликованные в международном банке данных пространственных структур RCSB (www.rcsb.org) с разрешением, допускающим депонирование; протоколы получения мутантной формы рибонуклеазы биназы и обратной транскриптазы ВИЧ, требуемого для структурных исследований качества; протоколы проведения функциональной и физико-химической характеристик исследуемых белков; проект технического задания на проведение последующей ОТР по тематике работы.
Полученные данные должны послужить основой для дальнейшей разработки подходов по повышению стабильности и направленному изменению свойств рибонуклеазы биназы как потенциального антиракового препарата и созданию ингибиторов обратной транскриптазы ВИЧ, обладающих активностью в отношении дикого типа вируса и его основных лекарственно-устойчивых форм.
Выполнение настоящего проекта обеспечит достижение научных результатов мирового уровня в части получения пространственных структур ферментов.
|
21
|
2011-1.2-512-023-137
|
Негосударственное образовательное учреждение "Учебно-научно-производственный комплекс Московского физико-технического института"
|
Представленные материалы содержат информацию о квалификации участника
|
8
|
01.03.2011 - 10.11.2012
|
Большинство биологических функций связано с функционированием белковых молекул и их комплексов. Проблема белок-белковых взаимодействий в настоящее время чрезвычайно актуальна. Известны пространственные структуры множества самых разных белков, с каждым днем число известных белковых структур растет. Однако, знание пространственной структуры само по себе недостаточно для понимания механизмов функционирования белков, в том числе белок-белковых взаимодействий. Понять механизмы белок-белковых взаимодействий, основываясь на их пространственной структуре, т.е. перейти «от структуры молекулы к ее функции», помогают молекулярные компьютерные модели.
Экспериментальные методы исследования единичных молекул, такие как Атомная Силовая Микроскопия (АСМ; Atomic Force Microscopy), Лазерные/Оптические Пинцеты (ЛОП; Laser Optical Tweezers) и многие другие, широко используются при изучении нековалентных белок-белковых комплексов и агрегатов и механических свойств вирусов. Тем не менее, огромная сложность структур данных систем (104-105 аминокислот) и их большой размер (30-100 нм) усложняют экспериментальные исследования, а также содержательную интерпретацию экспериментальных данных.
В этой связи, молекулярное компьютерное моделирование является важным, а порой и незаменимым методом теоретического исследования больших биологических образований, т.е. выполняет функции «вычислительного микроскопа», который позволяет прояснить и проинтерпритировать результаты экспериментов, а также предсказать их физико-химические, кинетические, термодинамические и статистические свойства
|
