Учебно-методический комплекс дисциплины «Медицинская химия»

РАБОЧАЯ ПРОГРАММА УЧЕБНОЙ ДИСЦИПЛИНЫ (РПУД)

Специальность — 020101.65, химия

Форма подготовки очная

1. 
   современные рациональные подходы к созданию соединений, обладающих избирательной биологической активностью,
   
2. 
   основные терапевтические мишени, используемые для терапии патологических процессов в организме человека,
   
3. 
   методы оптимизации структуры соединения-лидера с целью улучшения её основных фармакологических характеристик;
   

1. 
   на качественном уровне определять характер биологической активности соединения исходя из его строения,
   
2. 
   модифицировать структуру соединения-лидера для оптимизации процессов его введения, транспорта к терапевтической мишени, метаболизма и выведения из организма;
   

1. 
   практическими умениями и навыками в области комбинаторной химии,
   
2. 
   методологией QSAR, умением пользоваться специализированными программными средствами.
   

1. 
   Стратегия комбинаторного синтеза: центроиды и подпорки (scaffolds), “discrete library”, “pool library”; сравнительная характеристика параллельного и различных вариантов комбинаторного синтеза.
   
2. 
   Твердофазный синтез – практическая реализация концепции комбинаторного синтеза (пептидный синтез Меррифилда, строение полимерного носителя, методы закрепления и снятия вещества с подложки, определение активного соединения в смеси введением метки, с помощью кодировочных таблиц). Границы применимости твердофазного синтеза.
   
3. 
   Оптимизация классического органического синтеза для нужд комбинаторной химии: применение полимеров как реагентов, как катализаторов, для очистки и выделения продуктов реакции. Мультикомпонентные реакции (синтезы Уги, Ганча, Штреккера, Бигинелли, Манниха, Пассерини, Бухерера).
   
4. 
   Моделирование лиганда I. (Методы молекулярной механики. Локальная минимизация методом градиентного спуска).
   
5. 
   Моделирование лиганда II. (Полуэмпирические методы квантовой механики).
   
6. 
   Моделирование рецептора. Метод сравнительного моделирования. Молекулярная динамика.
   
7. 
   Методы докинга: геометрический докинг, метод Монте-Карло («simulated annealing»), генетический алгоритм.
   
8. 
   Классический QSAR. Понятие о константах заместителей. Индикаторные переменные и метод Фри–Вильсона. Уравнение Ганча.
   
9. 
   Математическое описание структуры соединения – дескрипторы: понятие о молекулярных графах, топологические индексы (индексы Винера, Рандича, Кира–Холла), современный топологический QSAR (метод Дюбуа DARC/PELCO, позиционный анализ Маги, метод анализа топологии молекулярного поля).
   
10. 
    Методы статистического QSAR: разбиение выборки на обучающую и контрольную, коэффициент корреляции R, стандартное отклонение s. Множественная линейная регрессия (метод наименьших квадратов).
    
11. 
    3D QSAR, понятие о фармакофоре (метод CoMFA), метод частичных квадратов.
    
12. 
    Искусственные нейронные сети и их применение для установления зависимости строение – биологическая активность.